Quần đảo Falkland về mặt địa lý sinh học là một bộ phận của đới Nam Cực ôn hòa,[111] có liên hệ mạnh mẽ với động thực vật tại Patagonia tại Nam Mỹ đại lục.[112] Các loài chim đất liền cấu thành hầu hết hệ chim của Quần đảo Falkland; 63 giống loài trên quần đảo, gồm cả 16 loài đặc hữu.[113] Quần đảo cũng phong phú về tính đa dạng các loài chân đốt.[114] Hệ thực vật của Quần đảo Falkland gồm có 163 loài có mạch bản địa.[115] Loài thú bản địa duy nhất trên đảo là warrah (hay cáo Quần đảo Falkland), chúng bị những người định cư gốc Âu săn bắn đến tuyệt chủng.[116]

Những loài thú biển như Mirounga leonina và Arctocephalus australis và các loài cá voi khác nhau hay lui tới vùng biển quanh Quần đảo Falkland; các đảo xa là nơi sống của loài Phalcoboenus australis hiếm có. Các loài cá đặc hữu quanh quần đảo chủ yếu thuộc chi Galaxias.[114] Quần đảo Falkland không có cây thân gỗ và có một hệ thực vật kháng phong chủ yếu bao gồm các loài cây bụi lùn khác nhau.[117]

Hầu như toàn bộ diện tích của quần đảo được sử dụng làm bãi cỏ cho cừu.[2] Các loài du nhập gồm có tuần lộc, thỏ, cáo Patagonia, lợn, ngựa, chuột nâu và mèo.[118] Tác động bất lợi mà một vài trong số những loài này gây ra cho hệ động thực vật bản địa khiến giới chức nỗ lực nhằm ngăn chặn, di chuyển hoặc tiêu diệt các loài xâm lấn như cáo, thỏ. Các động vật đất liền đặc hữu chịu ảnh hưởng nhiều nhất từ những loài du nhập.[119] Không rõ về quy mô tác động của loài người lên Quần đảo Falkland, bởi có ít dữ liệu dài hạn về biến đổi môi trường sống.[112]